يضم القسم خمسة شعب تسعى كل منها لإنجاز المهام الموكلة اليها المتمثلة بالاتي:-

1. شعبة ضمان الجودة:

      تتولى الشعبة مهمتين أساسيتين الأولى تطبيق معايير الجودة بنوعيها المؤسساتي والبرامجي من خلال اعتماد المعايير الدولية الخاصة بالجودة، والثانية مراقبة تطبيق الجودة بالتنسيق مع الكليات وجهاز الأشراف والتقويم العلمي.

2. شعبة تقويم الأداء:

    تتولى هذه الشعبة عملية تقييم الأداء للكادر البشري العامل في الجامعة من خلال تقييم القيادات وأعضاء الهيئة التدريسية والموظفين، وكذلك تتولى مهمة تقييم المؤسسات.

3. شعبة اعتماد المختبرات:

    تهتم هذه الشعبة بجودة المختبرات العلمية داخل الكليات من خلال تأهيل المسؤولين عن هذه المختبرات وترتبط بشعبة المختبرات في جهاز الأشراف والتقويم العلمي في الوزارة.

4. شعبة التدريب والدعم الفني:

    تتولى هذه الشعبة مهام التدريب والتطوير في مجال الجودة وتكنلوجيا المعلومات والتدقيق والتوثيق.